1. El downloader (www.dominio.com/magento/downloader): Para verlo, ir a http://www.dominio.com/magento/downloader?return=%22%3Cscript%3Ealert(xss)%3C/script%3E.
   Para corregirlo, abrir /downloader/Maged/Model/Session.php y reemplazar las lineas 60-62:

   60 61 62

   if (!empty($_GET['return'])) { $this->set('return_url', $_GET['return']); }

   por estas:

   60 61 62

   if (!empty($_GET['return'])) { $this->set('return_url', htmlentities($_GET['return'])); }

2. Login del administración: Para verlo, poner

   "><script>alert('xss')</script>

   en el campo Nombre de Usuario y lo que sea en de contraseña.
   Para corregirlo, abrir app\design\adminhtml\default\default\template\login.phtml y reemplazar la linea 54:

   54	<input type="text" id="username" name="login[username]" value="<?php echo $username ?>" class="required-entry input-text" /></div>

   con

   54	<input type="text" id="username" name="login[username]" value="<?php echo htmlentities($username) ?>" class="required-entry input-text" /></div>

3. La pagina que reenvia la contraseña del administrador: Para verlo ir a Para verlo, ir a http://www.dominio.com/magento/admin/admin/index/forgotpassword/ y hacer lo mismo que en el punto 2.
   Para corregirlo, abrir app\design\adminhtml\default\default\template\forgotpassword.phtml y reemplazar la linea 58:

   58	<input type="text" id="email" name="email" value="<?php echo $email ?>" class="required-entry input-text forgot-password" style="width:461px;" />

   con

   58	<input type="text" id="email" name="email" value="<?php echo htmlentities($email) ?>" class="required-entry input-text forgot-password" style="width:461px;" />

De todas formas, como regla general nunca entrar en el admin a partir de un enlace que os pasan, así se evitan estos peligros. Cuando cambiais el código, cuidado con las comillas, que no sé si copiaran bien o no (de lo que he probado si se guardan bien, pero estad atento )
Lo he visto donde nuestros vecinos franceses.

Edito: para completar este tema, en el blog oficial explican que una buena practica es de cambiar el nombre del admin,o sea en vez de tener el panel de administración en http://www.midominio.com/magento/admin algo como http://www.midominio.com/magento/loqueyodiga .
Esto se puede especificar en el proceso de instalación de la tienda, pero por si lo queremos cambiar despues, en una tienda en funcionamiento, hay que editar el archivo app/etc/local.xml cambiando el valor de admin->routers->adminhtml->args->frontName:

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     <admin>
        <routers>
            <adminhtml>
                <args>
                    <frontName><![CDATA[loqueyodiga]]></frontName>
                </args>
            </adminhtml>
        </routers>
     </admin>